Según la tradición oral y la leyenda, la Sagrada Imagen de Nuestra Señora de Aguas-Santas aparece, o se manifiesta milagrosamente junto con el agua de una fuente, al pastor focal llamado Juan Bueno, durante el siglo VII, siendo Arzobispo de Sevilla San Isidoro, el cual mandó construir la Ermita en el mismo lugar donde se apareció. Con la entrada de los árabes en España, los monjes que la custodiaban la ocultaron en uno de los muros de la Ermita, volviendo a aparecer una vez reconquistado Villaverde por el rey San Fernando, en 1247, a un sacerdote de Sevilla que la cuidó hasta su muerte.