La Ermita se convirtió en Convento provisional hasta que, en 1603, debido a los desvelos y diligencias de Fray Juan del Hierro, Ministro Provincial de la Orden Franciscana, se comienza la construcción del Convento de Nuestra Señora
de Aguas-Santas, adonde fue trasladada solemnemente la Bendita Imagen en 1612, permaneciendo en la que sería la Sacristía hasta que por fin se bendijo, el 8 de septiembre de 1652, la definitiva Iglesia del Convento.
El Convento se cierra el mes de septiembre de 1835, con motivo de la publicación del decreto de desamortización y exclaustración del ministro de Hacienda D. Juan Alvarez de Mendizabal, siendo Isabel II reina de España.